然而，渔业的不断发展，也带来诸多挑战，其中就包括资源的透支。

粮农组织对所评估种群开展的监测显示，在生物可持续限度内的鱼类种群比例呈下降趋势，从1974年的 90.0%下降至2015年的66.9%。相比之下，在生物不可持续水平上捕捞的鱼类种群比例从1974年的10%增加到2015年的33.1%。未充分捕捞的鱼类种群，从1974年到2015年持续下降，到2015年，仅占总评估种群的7.0%。

图片来源：世界渔业和水产养殖状况 2018

在中国，也有类似的情况。央视财经日前报道称，由于过度捕捞、水体污染等原因，长江渔业资源告急。青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼这“四大家鱼”，鱼卵鱼苗等早期资源量，比上世纪80年代减少了90%以上。

为修复长江的生态环境，2017年底农业部发布通告，决定从2018年1月1日起，率先在长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区等332个水生生物保护区逐步施行全面禁捕。

而对于远洋渔业，《“十三五”全国远洋渔业发展规划》提出，到2020年，全国远洋渔船。总数稳定在3000艘以内，远洋渔业企业数量在2016年基础上保持“零增长”，涉外违规事件得到有效遏制。